Кафедра высшей математики образована в начале 1971 года, ее коллективу было поручено преподавание общих математических дисциплин (математического анализа, алгебры, геометрии) на факультете ПМ-ПУ. Первым заведующим стал специалист в области дифференциальных уравнений — профессор Н. М. Матвеев  (1914–2003), ученик всемирно известного математика Н. М. Гюнтера. Н. М. Матвеев — автор многочисленных учебников и задачников по теории обыкновенных дифференциальных уравнений, по которым обучались и обучаются многие поколения специалистов в нашей стране и за рубежом.

Н. М. Матвеев активно занялся организацией учебного процесса, подбором преподавателей, разработкой учебных планов по фундаментальным дисциплинам. Для чтения лекций и ведения практических занятий были приглашены профессора: А. Т. Талдыкин, Д. С. Горшков, А. П. Плехотин, Ф. А. Иванов, А. А. Иванов, молодые сотрудники: по математическому анализу — Н. Е. Кирин, В. В. Жук, В. Ф. Кузютин, В. М. Есипов, Л. Г. Смышляева, В. С. Антончик, А. Е. Гурьянов, Л. В. Ракин, А. И. Кирьянен, В. О. Сергеев, Е. Д. Малеева, Ю. В. Малеев, Н. С. Жук, А. Б. Ковригин, З. А. Власова, Д. А. Овсянников, А. М. Камачкин, Н. В. Егоров; по высшей алгебре — В. Н. Иголкин, О. А. Тумка, М. К. Сергеева, О. А. Малафеев, Б. В. Степанов, В. Ф. Горьковой, С. Е. Михеев; по геометрии — Л. А. Петросян, Г. Г. Ткаченко, М. В. Поспелова, В. В. Скитович, В. А. Родионова; по теории функций комплексных переменных — Ю. З. Алешков, П. П. Смышляев, Г. Н. Крылов, И. А. Мартыненко, Ю. П. Коростин, Н. А. Фомина, Л. А. Балова, и др.

Основными научными направлениями кафедры в начальные годы ее становления были аналитические и численные методы исследования дифференциальных и интегральных уравнений (Матвеев Н. М., Плехотин А. П.), теория аппроксимации и численные методы интегрирования (Жук В. В., Кузютин В. Ф.), методы анализа в абстрактных пространствах (Талдыкин А. Т.), численные методы оптимизации (Кирин Н. Е., Овсянников Д. А., Камачкин А. М., Егоров Н. В.). Первые аспиранты, специализирующиеся по тематике кафедры, — С. С. Войтенко, В. К. Белошапкин, Н. М. Репникова, Т. Н. Уфимцева.

Первым ученым секретарем кафедры высшей математики (1971–1980 гг.) стал доцент В. Ф. Кузютин (1939–2006), в дальнейшем Заслуженный работник высшей школы РФ, профессор. Вторым заведующим избран в 1979 году доцент Д. А. Овсянников, ныне профессор, заведующий кафедрой теории систем управления электрофизической аппаратурой, в то время директор НИИ Вычислительной математики и процессов управления СПбГУ, специалист в области управления пучками заряженных частиц.

Третьим заведующим кафедрой высшей математики в 1985 году был избран профессор Ю. З. Алешков (1937–2005), с 1997 года — заведующий кафедрой управления медико-биологическими системами, специалист в области прикладной математики, механики жидкости, газа и плазмы, механики полета и теории волн. Автор семи книг. Им разработаны методы решения нелинейных краевых задач математической физики, моделирующих процесс распространения поверхностных ветровых и внутренних гравитационных волн в жидкости переменной глубины и их взаимодействия с преградами. С 1997 года по настоящее время кафедрой высшей математики заведует профессор Александр Михайлович Камачкин, специалист в области теории управления и нелинейных колебаний, моделирования и математического анализа сложных, нелинейных, детерминированных систем.

За годы, прошедшие с момента образования факультета прикладной математики — процессов управления, многое изменилось. Многие из молодых в то время преподавателей стали профессорами, заведующими кафедрами, заслуженными деятелями науки РФ, заслуженными работниками высшей школы РФ, почётными работниками высшей школы РФ. Большой вклад в науку внесли, работавшие на кафедре, ученые А. Т. Талдыкин, Д. С. Горшков, А. П. Плехотин, В. С. Антончик, Ю. В. Малеев, З. А. Власова, Н. Е. Кирин, Ф. А. Иванов, В. Ф. Кузютин, Ю. З. Алешков, В. В. Жук, В. Э. Вишневский. Коллектив кафедры продолжает хорошие традиции, заложенные в начальные годы ее становления.